La saison officielle d'ascension de la montagne ouvre chaque année en juillet et se termine début septembre, une fenêtre étroite régie par la fonte des neiges et la prévisibilité météorologique plutôt que par des préférences réglementaires. En dehors de ces dix semaines, les sentiers restent ouverts mais sans personnel, sans refuges de montagne, sans patrouilles de gardes forestiers, et avec un risque d'avalanche qui a coûté des vies chaque décennie.
La Fuji Subaru Line — une route à péage achevée en 1964 — transporte les bus touristiques des basses terres de Yamanashi jusqu'à la 5e station à 2 305 mètres, réduisant ce qui était autrefois une ascension de deux jours à un trajet de quatre heures. La plupart des forfaits d'excursion d'une journée au mont Fuji depuis Shinjuku se terminent ici, où des étals de souvenirs et un bureau de poste occupent la même altitude que les camps de base du Kilimandjaro. La route a ouvert la montagne au tourisme de masse mais a également exposé la fragilité du volcan : dans les années 1990, des déchets s'étaient accumulés à chaque station, et l'UNESCO a retardé la désignation au patrimoine mondial jusqu'à ce que le Japon mette en œuvre des frais d'ascension obligatoires et un programme d'élimination des déchets en 2013.
La symétrie du Fuji est un accident géologique. Le cône actuel a moins de 10 000 ans, construit sur les vestiges effondrés d'un volcan plus ancien. Sa dernière éruption en 1707 a déposé des cendres sur Edo — l'actuelle Tokyo — et les géologues considèrent un nouvel événement non pas comme une question de « si », mais de « quand ». L'Agence météorologique du Japon maintient un réseau de sismomètres et d'inclinomètres autour de la caldeira, publiant des données qui éclairent les modèles d'évacuation pour les 750 000 résidents vivant dans la zone de lahars prévue.
La meilleure excursion au mont Fuji depuis Shinjuku part avant l'aube, prévoyant une arrivée à la 5e station pour la clarté du petit matin qui s'estompe vers midi. L'accumulation de nuages commence vers 10 heures en été, obscurcissant le sommet et réduisant la silhouette emblématique à un coin gris. L'hiver offre une meilleure visibilité mais ferme complètement la Subaru Line ; l'excursion en bus au mont Fuji depuis Shinjuku est alors redirigée vers le lac Kawaguchi, où le reflet de la montagne double sa hauteur par matin sans vent. Cette inversion — une montagne vue dans l'eau plutôt que gravie — est le sujet d'estampes sur bois depuis les « Trente-six vues du mont Fuji » d'Hokusai, et cela reste l'image que la plupart des visiteurs rapportent chez eux.
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